L'influence celtes de la sous-tribu des Epomandui (Dompteurs de chevaux) marque la région de Mandeure, station sur la voie romaine de Besançon au Rhin. Détruite par les Hongrois, Mandeure est remplacée par Montbéliard comme capitale.
Frédéric Barberousse reçoit la région par mariage et en fait le Comté Palatin de Bourgogne ; la région devient la Franche Comté sous suzeraineté germanique, domaine des Habsbourg.
Conquise par les Français puis rendue à l'Espagne, elle revient définitivement à la France en 1678. Le Comté de Montbéliard est réuni à la France en 1797.